一、对保护基金筹集问题考察及完善建议
（一）保护基金筹集途径及风险评级的问题考察及完善建议
《管理办法》第五条规定，“基金按照取之于市场、用之于市场的原则筹集。”⑴按照这一原则，第十二条规定了基金的来源。根据保护基金公司2007年-2009年年报可得到如下数据(从各筹资途径所筹资金数额及占筹资总额的比例)⑵： 交易经手费（亿元）证券公司上缴基金（亿元）申购冻结资金利息（亿元）捐赠利息、投资和受偿收入（亿元）
2007年20.338(19.063%)28.403(26.623%)56.593(53.046%)1.352(1.268%)
2008年15.784(13.8%)44.026(38.73%)44.257(38.94%)9.596(8.44%)
2009年28.518(29.85%)40.810(42.71%)13.490(14.12%)12.731(13.32%)
作为市场化的处置证券公司风险的举措，保护基金的主要资金来源于证券公司所上缴的费用。从表中数据可知，证券公司上缴费用在保护基金筹资总额中所占比例正逐年上升。根据《管理办法》第十二条第（二）项的规定，证券公司按其营业收入的0.5-5%缴纳基金，具体的缴纳比例由保护基金公司根据证券公司风险状况确定后，报证监会批准，并按年调整。缴纳的费用在证券公司的营业成本中列支。由此可知，我国是根据证券公司风险的高低采用浮动费率制，这种收费机制有利于促使证券公司自觉提高风险控制水平。然而，《管理办法》对证券公司的风险评估及根据评估结果确定费率标准的具体办法未作规定。目前，保护基金公司已经有证券公司在缴费方面的评级方法，并根据评级结果，对证券公司确定不同的费率。
对证券公司通过评级分为A,B,C,D四类，A类再分为AAA,AA,A三个级别，B类分为BBB,BB,B三个级别，C类分为CCC,CC,C三个级别，D类只有D级，AAA级的证券公司的缴费费率为0.5%，AA级为1.0%，然后依次增长0.5%，D级证券公司的缴费费率则为5.0%。⑵虽然保护基金公司运用了风险评级，但是在实践中，证券公司为了少缴基金，可能会隐瞒问题和风险，以增加讨价还价的砝码；甚至以商业贿赂收买基金公司工作人员，以降低名义风险值，监管机构即便能查出来，也会多花时间和精力，导致风险延后和加剧。⑶对风险评级可以借鉴其他国家和地区的做法，根据前一年的证券公司的收处置情况，投资者诉讼案件的数量，证券公司的盈利水平等实际情况加以确定，使进行风险评级所依据的信息尽量客观透明，从而让风险评级的结果更加公正，更好地发挥风险评级机制对证券公司的激励约束机制。
（二）证券公司缴费费率的问题考察及完善建议
《管理办法》对证券公司的缴费费率规定为0.5-5%，所缴费用从营业成本中列支，在实际操作中，风险高的证券公司缴费费率也会达到4.5%以上，从2010年11月份的月报显示，缴费费率在2.5%以上的证券公司为42家，占统计范围内的证券公司总数的39.6%。⑵然而，美国每家证券公司只需交纳150美元的年费，香港则是证券买卖双方各缴付成交金额的0.002%（每宗50,000港元的证券交易，双方分别须缴付1港元会费）。由此可见，我国所规定的费率较高。这会给证券公司造成较大的经营负担，证券公司则可能将此负担转嫁给证券投资者。从各国（地区）的收费情况来看，费率是逐渐降低的，如美国将以前的浮动费率改为很低的固定收费。
二、对保护基金使用问题考察及完善建议
对保护基金使用限额的问题考察及完善建议
关于保护基金对每位投资者给予赔偿的限额，《管理办法》没有规定。在实际操作中，则对投资者的损失分为客户交易结算资金和个人债权，对两者采用不同的赔偿标准，对客户证券交易结算资金的本息予以全额赔偿，对个人债权则将资金额段按不同比例予以赔偿。对个人债权的分段赔偿是为了防止部分投资者在利益的驱动下，违规购买高利金融产品，从而防范道德风险，培养投资者的风险意识。然而，个人债权中包括证券公司挪用客户股票、债券而形成的债权，对该部分债权，投资者不可能预计到高风险，因此不应成为打折赔偿的对象，而应该将该部分债权和客户交易结算资金归于同一类，获得全额的赔偿。
对于个人债权部分进行赔偿的上限，可以参鉴其他国家和地区的规定，并总结实践中的经验，作出具体的规定。比如对单个投资者的损失进行赔偿的最高额为30万元，对10万元以下部分全额赔偿，对10万元以上部分90%赔偿，并可以采用现金和有价证券相结合的方式进行补偿，对现金部分所占的比例予以明确。只有作出区别对待和对赔偿限额予以规定，才能提高投资者的风险意识，谨慎投资。
